15 декабря 1951 года создано Севастопольское высшее военно-морское инженерное училище (СВВМИУ, 1951 — 1992 гг.). Училище создано приказом Военно-Морского Министра СССР Адмирала флота Н. Г. Кузнецова в здании Морского кадетского корпуса, который был основан в 1916 году.
Первым начальником училища в апреле 1952 года был назначен инженер-контр-адмирал М. В. Королёв. К началу первого учебного года — 1 октября 1952 года — было создано два факультета. 30 апреля 1953 года в училище из Высшего военно-морского инженерного училища имени Ф. Э. Дзержинского был переведён дизельный факультет.
11 октября 1953 года командующий Черноморским флотом адмирал С. Г. Горшков вручил училищу Знамя части.
Училище являлось основным центром подготовки офицерских инженерных кадров для океанского атомного флота. Учебное заведение обладало сильнейшим профессорско-преподавательским составом. Материально-техническая база подготовки корабельных инженеров-энергетиков для атомного флота СССР включала собственный исследовательский реактор ИР-100, натурный бортовой комплекс ядерной энергетической установки подводной лодки 2-го поколения, полномасштабные тренажеры, исследовательские тепло-гидродинамические стенды, мощный вычислительный центр.
В училище велись научные исследования актуальных проблем корабельной ядерной энергетики, гидравлики, теплофизики на кафедрах и в научно-исследовательских лабораториях. Проводились научно-технические конференции, выездные сессии АН СССР по теплофизическим и гидродинамическим аспектам проблемы безопасности корабельных ядерных энергетических установок, заседания Научного совета АН по гидрофизике океана.
Училище официально прекратило своё существование 30 августа 1993 года, после распада СССР, и было включено в состав Севастопольского военно-морского института. До присоединения Крыма к Российской Федерации инфраструктура Севастопольского высшего военно-морского инженерного училища (здание морской практики, полигон живучести, водолазный полигон) была разрушена, частично пребывала в аварийном состоянии.
На базе СВВМИУ был образован факультет по подготовке специалистов для атомной энергетики Украины. 2 августа 1996 года постановлением Кабинета Министров Украины № 884 факультет был преобразован в Севастопольский институт ядерной энергии и промышленности (СИЯЭиП), которому передана инфраструктура ядерного реактора ИР-100. В конце марта 2014 года ядерный реактор ИР-100 был остановлен и законсервирован.
После присоединения Крыма к Российской Федерации Правительство РФ 8 октября 2014 года издало распоряжение о создании на базе ряда образовательных организаций города Севастопольского государственного университета. C 2015 года Севастопольский национальный университет ядерной энергии и промышленности входит в состав Севастопольского государственного университета как Институт ядерной энергии и промышленности.
Согласно Федеральной целевой программе развития Крыма и Севастополя до 2020 года предусмотрены средства для реконструкции учебного корпуса.
В декабре 2017 года боевое знамя Севастопольского ВВМИУ передано на хранение в музей Черноморского флота.
