6 августа 1960 года образован Севастопольский военно-исторический музей-заповедник (Музей героической обороны и освобождения Севастополя). Создан постановлением Совета Министров УССР на базе объединения Панорамы и Диорамы, которые стали отделами музея.
Потом открылись и другие отделы музея. Их экспозиции появились в Оборонительной башне Малахова кургана, в доме № 46 по ул. Ревякина, где в 1942—1944 гг. находился штаб севастопольского подполья.
В 1973 году на баланс музея был передан Собор св. Равноапостольного Князя Владимира — усыпальница адмиралов. В 1977 году в структуре музея появился отдел истории Севастопольской комсомольской организации, экспозиция которого существовала до 1991 года.
В 2019 году Федеральное государственное бюджетное учреждение культуры (ФГБУК) "Государственный музей героической обороны и освобождения Севастополя" был переименован в "Севастопольский военно-исторический музей-заповедник".
В июне 2021 года музею возвращено историческое название — "Музей героической обороны и освобождения Севастополя".
