22 ноября (по старому стилю) 1905 года жандармский ротмистр Н.А. Васильев отправил доклад командиру отдельного корпуса жандармов о количестве жертв в результате восстания в Севастополе на крейсере "Очаков", которое произошло 11 (24) ноября 1905 года. В нём говорилось, что команда крейсера "Очаков" насчитывала 380 человек; также на нём находились арестованные офицеры с восставших кораблей, освобождённые с транспорта "Прут" матросы-потёмкинцы и различные гражданские лица. Как писал Васильев, "убитые и раненые остались на "Очакове" после того, как он загорелся, и все сгорели, в 9 ч вечера я сам видел раскалённые борты "Очакова"".
Из числа матросов и штатских лиц, находившихся на "Очакове", задержали только 41 человека. Согласно различным официальным данным, общее количество арестованных в те дни составило от 1400 до 2000 человек.
17 ноября Николай II писал матери: "Вчера, по крайней мере, генерал Меллер-Закомельский энергично покончил с мятежом; морские казармы взяты Брестским полком, и крейсер "Очаков" сдался после стрельбы с "Ростислава" и артиллерии на берегу. Сколько убитых и раненых, я ещё не знаю. Подумать страшно, что это всё свои люди!! Какой-то прогнанный со службы офицер бывший лейтенант Шмидт провозгласил себя командиром "Очакова", но после боя бежал, переодетый матросом, и был пойман. Его, конечно, придётся расстрелять!".
Процесс над П.П. Шмидтом и 40 другими очаковцами проходил с 7 по 18 февраля 1906 года. Их судил временный военно-морской суд, но не в Севастополе, а в г. Очакове. Шмидта, которому на тот момент было 39 лет, и трёх матросов: 25-летнего комендора2 Н.Г. Антоненко3, 23-летнего машиниста 2-й статьи А.И. Гладкова и 31-летнего старшего баталёра С.П. Частника приговорили к смертной казни и расстреляли 6 марта того же года на о. Березань. Ещё 18 подсудимых приговорили к каторжным работам — от 4 лет до бессрочных, а девять человек отдали в исправительные арестантские отделения гражданского ведомства на срок от 2 до 4 лет. 10 матросов полностью оправдали.